化膿性心包炎一般屬于心臟外科、心胸外科范疇，在很多醫院有這兩個科室，診斷化膿性心包炎的患者，應該考慮在心臟外科、心胸外科就診。有些醫院并沒有具備這樣的條件，沒有這兩個科室時，也可以在心臟內科、心血管內科就診。由于化膿性心包炎的主要治療是抗感染治療，所以在哪個科室都可以應用抗感染的藥物，以及支持對癥治療。對于有些特殊化膿性感染的病人，有時候需要外科干預，比如開窗、引流、沖洗，甚至留置引流等。在內科常常不能完成這個任務，就需要心臟外科或者胸外科做有創傷性的手術操作，所以在心內科有的時候并不能獨立完成。現在很多大醫院這些科室都具備，而且具備互相會診、互相協作或者轉診的功能。所以在初期，對于診斷、藥物治療，這幾個科室并沒有太大區別。在需要外科干預的時候，可以在相關科室，甚至有些條件不具備的醫院可以考慮轉到有心胸外科的醫院，去接受外科干預的措施。