早晨起來口苦、口臭用藥需明確病因，具體有以下幾種：一、生理性如果不是疾病因素造成，盡量不要用藥；二、病理性根據疾病做相關處理，具體如下。1、齲齒或智齒，藥物效果有限，建議到口腔專科進行處理，如補牙、處理智齒、冠周炎。2、牙齒齒縫過大或牙齦炎，需清除存食物殘渣或腐敗的肌肉組織，此時需要用到牙線或水線。3、黏膜損傷，如黏膜缺損、潰瘍、糜爛，建議用含有抗生素、益生菌或薄荷類的漱口液，進行漱口。4、胃腸道疾病，如酸反流需用抑酸藥物進行治療，堿反流要中和膽酸，要服用胃腸動力和輔助消化的藥物，具體藥物需在醫生指導下服用。