新鮮肛裂不一定應用手術治療，通過涂抹藥膏、水中坐浴，緩解大便干的癥狀進行保守治療。如果肛裂較嚴重、出血量較多、疼痛較明顯，需要采取手術。而陳舊性肛裂不能愈合出現合并癥，如哨兵痔、肛乳頭肥大、肛瘺，此時也需要采取手術。手術目的是將裂損創面完全切除，松解部分括約肌或切斷部分內括約肌，使肛門恢復到原先松緊程度。 通常肛裂反復時間久以后會出現病理性肛門狹窄，即括約肌痙攣引起狹窄，需要手術切斷部分括約肌。切斷括約肌方法較多，包括內括下緣切斷、從括約肌間溝找出內括約肌切斷部分，再把創口縫合，以及括約肌切斷以后縱切橫縫。手術目的主要是將縮小的肛門變大，通過治療局部裂損創面形成瘢痕后不會再出現肛裂情況，但需要掌握松解程度，避免切斷括約肌愈合以后出現失禁。