大部分的轉氨酶升高，如谷丙轉氨酶和谷草轉氨酶升高，都是肝病引起，但并不傳染。少部分轉氨酶升高，尤其是單向的谷草轉氨酶升高，是由于肝臟以外的其它臟器疾病所致。谷丙轉氨酶和谷草轉氨酶同時升高的情況，一般見于各種原因所導致的肝臟損傷、炎癥或肝臟硬化。比如國內最常見的病毒性肝炎、乙型肝炎、丙性肝炎，以及甲型和戊型肝炎，都可以表現為轉氨酶升高。另外藥物性肝損傷、酒精性肝病，也可以引起轉氨酶升高。還有一類疾病，常見于老年女性的原發性膽汁性肝硬化，可以表現轉氨酶升高及膽酶升高。膽酶主要指的是轉肽酶、堿性磷酸酶，會與轉氨酶同時升高。此外，還有部分遺傳代謝性肝病，也可以引起轉氨酶升高。對于轉氨酶升高而不是肝病的疾病，常見于肌肉受損，如急性心肌缺血或心梗，可以引起谷草轉氨酶升高，以及肌酶升高。另外，肌炎等肌肉炎癥，以及肌肉的擠壓傷或墜落傷等肌肉受損，也可以引起谷草轉氨酶和肌酶升高。