肺穿刺操作通常會有一定風險，但風險性根據患者具體病情及身體狀況不相同，部分情況下風險較小，部分情況下風險較大。取決于肺穿刺所能提供的依據，從而進一步治療、判斷肺穿刺風險，如造成氣胸、血胸等。通常醫生選擇肺穿刺操作技術時，可根據患者情況及病情特點綜合權衡肺穿刺風險，如果風險較大且獲益不高，則不會輕易進行操作。肺內病灶位于胸膜下，尤其病灶和胸膜距離較近甚至相連接，進行肺穿刺操作時風險相對較小。患者肺內病灶、腫塊、其他病變面積比較大，穿刺時較少穿偏至正常肺組織。只要穿刺針位于病灶肺組織或病變內進行穿刺取樣，通常風險較小，尤其在進行胸腔積液抽取時，安全性較高。