目前很少有治愈的慢性乙型肝炎患者，因為慢性乙型肝炎患者的乙肝病毒cccDNA模板目前沒有藥物可以清除。部分患者可能會對乙肝病毒產生免疫耐受性，導致免疫系統特異性免疫功能下降。而且目前也沒有藥物能夠徹底清除乙肝病毒，所以只有極少數慢性乙型肝炎患者能夠徹底治愈。大部分患者通過抗病毒對癥治療，僅可以達到最好的臨床治愈，這類患者的特點是乙肝表面抗原陰性，伴隨或不伴隨表面抗體產生，無法用高靈敏度檢測出乙肝病毒DNA定量。實現臨床治愈的患者，一部分是通過自己的免疫功能清除，一部分是用干擾素或干擾素聯合核苷類似物進行治療，患者通常處于免疫清除期，或表面抗原水平很低的特點。目前大部分的慢性乙型肝炎患者主要是通過核苷類似物或干擾素聯合應用，實現在血中檢測不到乙肝病毒、肝功能完全穩定、影像學沒有特殊變化的目的。雖然乙肝表面抗原沒有陰轉，但可以將體內血液中的乙肝病毒降到最低，緩解乙肝病毒對于肝細胞的損壞，延緩肝纖維化、肝硬化的進展，減少肝癌的發生率。