大多數普通的肺炎支原體病不會留下后遺癥，經過正規、足療程的抗支原體感染之后，病情能夠痊愈，對后續一般也沒有影響。少部分重癥的肺炎支原體感染出現重癥肺炎后，可能繼發閉塞性細支氣管炎，即BO，這部分重癥肺炎，支原體肺炎引起的BO可能比較麻煩，可能后續還需要長時間的治療。如果明確是肺炎支原體感染，除了進行普通的對癥處理之外，還要對肺炎支原體進行病原學的治療，可以選用大環內酯類抗生素進行抗支原體治療，可以選用阿奇霉素、紅霉素、環酯紅霉素類藥物，阿奇霉素可以選擇吃3天停4天的療法，或者吃5天停2天的療法。治療周期一般可能需要2-3個周期，比較重癥的可能需要3-4個周期，也可以選用環酯紅霉素、紅霉素這一類藥，一般可能需要10-14天。經過足療程的抗支原體治療，大多數肺炎支原體感染能夠痊愈。