吸奶器使用以后需要及時清洗和消毒，可以用流動水清洗并且擦拭，消毒也比較重要，否則有可能因為吸奶器造成交叉性污染，使新生兒發生腹瀉，甚至感染等，可以將吸奶器放在籠屜中通過蒸熏進行消毒，也可以用專門的吸奶器消毒蒸鍋進行消毒，或通過微波爐進行消毒。一般不建議使用化學的方式進行消毒，由于以上幾種方式既不會傷害吸奶器本身材質，也不會有化學物品或有害物質的殘留，因此需要采取物理的方式進行消毒。如果是濕性加熱消毒法，吸奶器使用之后，需要及時將吸奶器上的水分擦干，充分晾干之后再進行收納，否則殘留的水汽有可能滋生細菌。