腦梗死和腦血栓基本一致，但在外涵和內涵上有稍許差別。腦梗死可能更傾向于臨床專業名詞，是指各種原因，如心臟、胸、頸部、大動脈的原因等，也可能為腦血管自身原因，也可能為血液系統原因或血漿方面異常，造成腦部血流動力學紊亂，腦組織缺血、缺氧，從而導致腦組織壞死等一系列臨床綜合征，病變范圍和引起相關疾病非常廣。而腦血栓，目前已較少使用，腦血栓有兩個含義，首先為外來血栓，較多腦部梗死的血栓來源為外源，如心臟房顫、心臟瓣膜病，都可在心臟形成血栓，血栓順著血液到達腦部，則形成腦血栓。其次為腦部血栓，如上游動脈硬化或狹窄，因各種原因造成斑塊脫落到達遠端，形成遠端血栓，也稱為腦血栓。因此腦梗死是更專業化的名詞，腦血栓是比較非專業的特指性名詞。