新型冠狀病毒肺炎是一種呼吸道傳播疾病，典型表現是發燒、咳嗽，與其他肺炎不同的是其胸部CT會有特異性表現。有經驗的醫生通過CT能夠大致判斷患病的可能性，但確定診斷的手段是病毒核酸檢測。在有條件的科研機構還可以做病毒分離，大部分醫療機構是通過PCR的核酸檢測診斷，如果PCR陽性，可以確診感染新型冠狀病毒肺炎。此檢測大部分是通過咽拭子檢測，如果是陰性，但是癥狀很支持新型冠狀病毒肺炎，建議取深部呼吸道分泌物，比如痰液和肺泡灌洗液，陽性率會更高，也是最準確、最可靠的檢測手段。但是由于受取樣限制，比如在感染早期和感染后期，咽部病毒載量已經下降，有可能會出現假陰性。 除此之外，發現部分感染者的尿液、糞便中也出現核酸陽性，可能會進一步探討以上部位標本其陽性意義，是否可以用來診斷或排除。近期陸續各個醫療機構開展血清抗體檢測，也可以作為診斷方案。