雖然射頻消融術是風險較低的介入手術，但仍然有一定的風險存在，主要有以下方面：1、穿刺帶來的并發癥：比如在穿刺時可能出現局部出血，在誤穿時，比如穿錯進入動脈可能產生血腫，尤其是在鎖骨下靜脈穿刺時，如果穿錯進入鎖骨下動脈，是較嚴重的情況；2、消融過程中出現的并發癥：比如消融時過深、穿孔導致心臟壓塞，在做房室部位消融時如果損害房室傳導，可能導致完全性房室傳導阻滯，在消融時如果消融的部位過淺，可能無法起到消融的效果，比如治療室早時，即便找到異位興奮點，但沒有消融成功，術后仍然會有早搏發生。