射頻消融治療是一種微創治療手術，對人體基本沒危害，但仍然有一些并發癥，其主要并發癥有發熱、皮膚燒傷。皮膚燒傷主要是因為體外電極片貼合皮膚時二者貼合不緊密造成，一般主要發生于大腿根部。 此外，當患者帶有心臟起搏器時不能做消融治療。對于不同部位腫瘤消融治療還可能出現不同的并發癥，比如肺癌消融可能會出現氣胸、咯血。腫瘤消融后瘤體感、氣管胸膜瘺等。 肝癌消融會出現腫瘤感染、膽瘺、出血，臟器比如膈肌，腸管，胃等的燒傷，壞死，甚至穿孔等，但這些并發癥嚴重的相對較少。