中藥黃柏的副作用主要是因為其為偏寒藥物，因此若本身體質偏寒，服用黃柏易造成偏寒更嚴重，出現不適癥狀。因為黃柏本身具有清熱、燥濕，此外有一定的清虛熱作用。三黃片、黃連、黃芩、黃柏等藥物一般具有清熱作用，三焦一般可能用黃芩、中焦用黃連、下焦用黃柏來清虛及清熱。若本身體質偏寒，尤為脾胃寒較重，服用藥物時間較長，可能會出現偏寒加重，脾胃愈發虛寒等表現。同時黃柏亦有清虛熱作用，如知柏地黃丸，其由腎陰虛造成火旺，出現相火妄動，導致出現煩躁、失眠、頻繁遺精及手、足、心熱。此類表現都為腎陰虛、火旺造成，用知柏地黃丸有較好的滋腎陰、清虛熱作用。黃柏主要作用為清熱作用，因此若為寒性體質，需注意服用時，觀察是否會影響自身體質。