骨髓增生異常綜合征晚期會出現嚴重貧血，血紅蛋白小于60g/L，會出現相應的組織缺血缺氧癥狀，比如貧血、全身乏力、耳鳴或者心肌缺血表現，最嚴重可能導致貧血性心臟病。由于長期輸血，患者可以會出現鐵過載的現象，導致血色病，當多余的鐵沉積在心臟、肝臟、胰腺以后會出現相應器官改變。 此外，骨髓增生異常綜合征患者到晚期會出現難治性的血細胞減少，也會繼發感染。血小板非常低可以出現重要臟器出血，比如消化道出血或顱內出血。