硝酸甘油抗心絞痛的一個主要缺點，在于這個藥有耐藥性。硝酸酯類的藥物治療心絞痛，都會有耐藥性。這個耐藥性主要跟細胞里的巰基被消耗掉有關系。想要解決這個問題，患者在應用硝酸酯類藥物進行抗心絞痛治療時，每日要保證有8個小時的無藥間歇期。也就是有8個小時的時間，身體里沒有這個藥物。而一旦產生耐藥性，如果心絞痛發作，再用硝酸酯類的藥物，包括硝酸甘油，就沒有效果，帶來的后果就比較嚴重。所以，在長期服用硝酸酯類藥物時，一定要保證有一個無藥間歇期，6-8個小時就可以。此外，硝酸甘油可以和含巰基類的藥物一起服用，有助于推遲耐藥性的產生。耐藥性產生之后，可以停藥，停藥一段時間以后，藥性其實又可以恢復。總之，硝酸甘油的耐藥性是其最大的缺點。