小便的時候陰部疼，主要有以下幾個原因；1、炎癥：包括尿道或膀胱炎癥，在排尿的時候會導致陰部疼痛。還有陰部炎癥，包括陰道炎或者是前列腺炎，患者在排尿的時候會出現疼痛。2、膀胱結石：在排尿的過程當中尿道存在梗阻，也會導致陰部放射性疼痛。因此，在排尿時候伴有疼痛，大部分的情況和細菌感染有關。還有部分和結石、腫瘤有一定相關性。對于這種情況，建議去醫院驗尿，并做B超、CT等檢查，明確到底是什么原因所造成。