小便時有尿痛有以下幾種原因：1、泌尿系統感染：可分為上尿路感染、下尿路感染，其中尿痛以下尿路感染更明顯，下尿路感染有分為膀胱炎、尿道炎，尿痛癥狀以尿道炎更明顯，膀胱炎也有排尿刺痛癥狀，除了排尿刺痛癥狀以外，患者可能還有尿頻、尿急、下腹部疼痛等不適，一般沒有發熱等全身癥狀；2、男性生殖系統感染：如精囊炎、前列腺炎，都可導致排尿刺痛，尤其是前列腺炎，患者會出現排尿的刺激癥狀，如尿頻、尿急、尿痛，也會出現骨盆區域疼痛癥狀，如下腹部、腹股溝區、腹內側、陰莖、陰囊、尿道區等；3、結石、腫瘤：膀胱結石、輸尿管末端結石會引起尿頻、尿急、尿痛等刺激癥狀，膀胱結石通常伴有排尿中斷，輸尿管末端結石通常伴有排尿困難，而腫瘤最常見的是膀胱原位癌，通常以尿頻、尿急、尿痛等刺激癥狀作為臨床表現。所以出現上訴疾病，需要進行相應的輔助檢查，明確診斷后對因處理。