兒童骨肉瘤是發病率相對較低的少發腫瘤或罕見腫瘤，發病原因目前尚未明確，總的來說主要有以下幾點： 1、骨肉瘤本身的發病和基因改變有密切關系，最新數據提示骨肉瘤的發生與基因碎裂、基因重組以及很多的基因突變有非常密切的關系；在骨肉瘤的研究中發現骨肉瘤患者有很多的基因拷貝數變異和基因突變，這些都會導致和腫瘤細胞生長密切相關基因的改變；這些基因發生改變后會導致腫瘤細胞的生長不受控制，并且容易發生遠處的轉移； 2、遺傳性因素，部分遺傳性疾病的綜合征，如Li-Fraumeni綜合征發生骨肉瘤的概率非常高。 目前兒童骨肉瘤病因尚未明確，但可能與基因相關。