腎臟病理活檢是診斷急性腎小管間質腎炎的金標準，腎小管間質腎炎的病理表現主要為腎小管和腎間質的炎癥改變。臨床發現患兒出現不明原因的血肌酐及血尿素氮升高，則可懷疑出現急性腎小管間質性腎炎，在尿常規檢查中可能會出現血尿或蛋白尿，肉眼血尿的情況非常少見。如果是由藥物引起的急性腎小管間質性腎炎，在檢查外周血常規時可發現血液中嗜酸性粒細胞增多的表現。從影像學角度來說，可以進行雙腎CT或雙腎B超等檢查，可能會發現患者的腎臟與正常兒童相比增大，但不一定就是急性腎小管間質性腎炎，也可能是其他疾病所引起的。