腎小管間質疾病包括腎盂腎炎，無論是急性腎盂腎炎，還是慢性腎盂腎炎，主要累及腎間質。急性腎盂腎炎通常是感染相關的疾病，因此在腎間質中會有大量中性粒細胞等細胞浸潤，導致患者出現各種腎小管功能異常。對于慢性腎盂腎炎來說，更是會累及腎小管和腎間質，部分患者會出現腎小管功能障礙，如腎小管性酸中毒，會出現葡萄糖、氨基酸、磷酸鹽，以及尿酸鹽的轉運障礙。對于腎盂腎炎的患者來講，尤其是急性腎盂腎炎，需要在急性期給予正規、積極且足療程的抗感染治療，以免疾病遷延不愈后，轉成慢性腎盂腎炎。另外慢性腎盂腎炎的患者，會出現慢性的腎間質纖維化、腎小管萎縮，長期以往會影響到腎臟功能，并導致慢性腎功能不全，總之腎盂腎炎被認為是腎小管間質疾病的一種。