部分卵巢囊腫為生理性囊腫，生理性囊腫最常見于黃體囊腫，即排完卵后黃體長至5-6cm。若處于妊娠期，黃體甚至可長至10cm，月經后或者妊娠后囊腫可逐漸吸收消失。但子宮內膜異位癥形成的囊腫無法自行消失，稱為真性卵巢腫物，包塊越來越大，最后可種植在盆腔，產生各種類似癥狀，如不孕、痛經。 卵巢腫物與卵巢癌關系不確切，因此只要是真性腫物，均建議及時手術切除。因部分交界性腫瘤看似為良性，但病理結果顯示交界性，具有惡變可能，因此只有生理性卵巢囊腫可自行消失。