一般不首選甲硝唑用于尿路感染治療，因為尿路感染大部分是由大腸桿菌，金黃色葡萄球菌等常見尿路感染致病菌所致，所以在臨床上首選抗生素一般是喹諾酮類抗生素、頭孢類抗生素或磷霉素。這幾種抗生素，對于大部分尿路感染細菌覆蓋面最廣，在臨床上一般是使用3-7天，在使用1周以后，必須要復查尿常規，直到尿常規中白細胞轉陰，才標志著治療終止。甲硝唑僅適用于一種特殊類型的尿路感染，即滴蟲性尿道炎。通常女性患者可能由于洗浴、游泳或性生活等途徑感染滴蟲性陰道炎，繼而獲得滴蟲性尿道炎，然后再和其男性伴侶進行性生活時，容易導致男性又獲得滴蟲性尿道炎。特點是除了常規的尿頻、尿急、尿痛之外，尿道口分泌物比較多，這時做細菌鑒定時通常能夠發現滴蟲。這時一般可以使用甲硝唑治療，即滅滴靈治療，但這種類型的尿道炎在臨床上相對少見。