腸鏡下的診斷對于很多結腸、直腸病變是金標準，可以檢出內痔、結直腸息肉、結直腸腫瘤、炎癥性腸病，包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，甚至結腸憩室、血管畸形等。腸鏡在非常直觀的情況下觀察腸道黏膜的病變，如果出現病變，可以很直觀地發現。而且腸鏡能夠在發現病變的同時進行病理活檢，對結直腸癌的診斷提供確切依據。結直腸鏡下病變的形態各異，結直腸息肉往往表面光滑，或者有管道腺瘤樣的表現。結直腸癌出現菜花樣隆起，凹陷病變、質地較硬、接觸出血。炎癥性腸病包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，鏡下主要看到彌漫性充血、水腫，點狀的、密集的糜爛，甚至潰瘍。克羅恩病可以看到重型的、深大的、裂隙樣的潰瘍。通過病變可以看到是隱窩膿腫、隱窩炎癥，還是非干酪性肉芽腫，都可以起到確診的價值。