腸鏡可以檢查出部分肛瘺，一般肛瘺有內口、外口。內口在直腸內、肛門腺附近，而外口可以在不同部位，如肛門周圍皮膚，甚至于臀部、大腿。內口大部分不是很清晰，在肛門鏡或者直腸鏡下很少有清晰可見的情況。肛瘺輔助檢查一般不選擇直腸鏡，因為直腸鏡能看到肛瘺內口的情況非常少見。 如果肛瘺時間很長，內口可能會出現纖維化，甚至有紅腫的情況表現，在大部分情況下無法發現。因此肛瘺輔助檢查主要進行超聲和核磁共振，而非直腸鏡檢查。