胃癌熱灌注化療后的不良反應通常較輕，主要包括惡心、食欲減退、一過性發熱、排氣減少、輕度腸梗阻等。此外，部分化療藥物也會產生相應副作用，如5-氟尿嘧啶、順鉑、紫杉類藥物，混合在熱鹽水中副反應不盡相同。 若是使用紫杉類藥物，患者通過熱灌注化療可能會造成脫發。若使用5-氟尿嘧啶、順鉑等藥物，患者會產生較重的惡心、嘔吐等。所以熱灌注化療中所用的藥物不同，產生的不良反應不同。在治療前，患者要與醫生進行詳細溝通，選擇合適的藥物。