通常一代、二代和三代試管嬰兒之間存在本質性區別，主要存在適應證不同。主要包括以下幾方面內容：1、第一代試管嬰兒：主要解決精卵無法相遇問題，大部分情況可能為輸卵管梗阻、輸卵管功能病變；2、第二代試管嬰兒：主要解決精卵結合問題，即精子和卵子在輸卵管內但無法自行結合。此種患者多見于男性重度少弱畸形精子癥，因精子數量較少、質量不佳而無法自行完成受精過程。此時需要使用較細的針將精子放入針內，注射到女性卵母細胞中完成受精過程促使精卵結合；3、第三代試管嬰兒：主要解決遺傳方面的問題，如男性或女性染色體的問題，即本身染色體上遺傳物質沒有缺乏，但染色體某一個點和某一個點遺傳物質出現交叉互換，可能到子代的染色體位置或者染色體數量會出現多一條、少一條情況，胚胎可能也會出現問題。如果男性或女性攜帶高致病風險基因，可以通過胚胎植入前進行基因篩查，即將高致病風險基因篩掉使胚胎不患疾病遺傳性疾病。因此一代、二代、三代試管嬰兒適應證不同，而并非級別越高越好。