總體而言，經二代試管嬰兒出生的胎兒與自然妊娠的新生兒在畸形率方面并無差異。但部分研究表明，選擇進行二代試管嬰兒的患者通常為嚴重少弱精男性，而此類患者自身存在遺傳學異常，因而會攜帶少弱精基因。此外，二代試管嬰兒出生的男寶寶長大成人后可能受男性不育困擾，但此類現象發生并非該技術所造成，而是由嬰兒父親攜帶男性少弱精基因所致。因此，在遺傳學背景下，可能存在少弱精癥基因遺傳現象。