磁共振機器型號不同，運行時聲音大小不一，但是一般都在人體能夠承受范圍內。 在進行磁共振檢查時，要求聲音盡量低于120dB，如果整個檢查期間平均聲音＞99dB，可以戴保護性耳機或耳塞，以增加患者舒適感。對于3歲以下兒童，盡量控制噪音＜90dB。大部分磁共振檢查序列噪音不太高，但有極個別序列噪音比較大，比如彌散加權檢查DW序列、梯度回波系列，給予佩戴保護性耳機、耳塞，一般患者能夠承受。