肺炎支原體是引起非典型肺炎最常見的病因之一，由于支原體沒有細胞壁，青霉素類、頭孢菌素類作用于細胞壁的抗菌藥物對肺炎支原體沒有效。對肺炎支原體有效的抗菌藥物主要有大環內酯類的紅霉素、阿奇霉素、克拉霉素，四環素類當中的多西環素、米諾環素也可以，還有氟喹諾酮類的左氧氟沙星、莫西沙星也對肺炎支原體有效。由于四環素類藥物能夠使兒童特別是8歲以下兒童，牙齒發黃或牙釉質發育不良，所以8歲以下的兒童禁用。左氧氟沙星氟喹諾酮類的藥物，在幼齡的動物骨骼當中發現會影響骨骼發育，目前來說18歲以下的患者禁用喹諾酮類藥物。兒童肺炎支原體感染首選阿奇霉素大環內酯類藥物，而不選擇四環素類或者是喹諾酮類藥物。