激光治療近視是比較成熟的技術，但手術難免會有并發癥或者危害，主要危害是因為激光在角膜組織上進行操作。準分子激光是做角膜瓣，而全飛秒激光是做角膜基質，兩者都是在角膜進行操作，會損傷角膜組織。角膜組織中雖然是沒有血管，不易出血，但有大量的神經纖維末梢，如果損傷神經纖維末梢，會使患者術后感到術眼疼痛。更嚴重的后果可能會造成術后的干眼，因為神經末梢被損傷之后協助分泌淚液的功能減弱，導致淚液分泌減少，因此患者容易產生術后干眼。另外一種情況術后夜間視力下降，還有術后夜間眩光，均會影響患者術后夜間出行或夜間駕駛的安全。另外，激光手術極易造成屈光回退，這種情況多發于原本屈光度較高的患者，如高度近視的患者術后1-2年或更長時間后，會發現度數增高，這種屈光回退是激光手術常見的并發癥。