前列腺炎發生時可以應用阿莫西林，但阿莫西林在前列腺炎的治療當中并不是首選藥物，主要是由于阿莫西林難以通過前列腺的血-前列腺屏障，進入到前列腺包膜內，起不到足夠的殺菌效力。所以在前列腺炎發生以后，抗菌素的選擇主要是選擇脂溶性比較好、能夠通過前列腺包膜、血漿蛋白結合比較低，還有就是偏堿性的藥物。在傳統上對于前列腺炎發生以后，推薦應用的抗菌素是磺胺類藥物，但是磺胺類藥物副作用比較大，所以目前在臨床上應用很少。推薦應用的一線治療藥物是喹諾酮類，尤其是第三代喹諾酮類藥物左氧氟沙星。左氧氟沙星能夠通過血-前列腺屏障，進入到前列腺包膜內，而且抗菌譜也比較廣，殺菌效力也比較強。其他還可以通過血-前列腺屏障進入到前列腺包膜內的藥物，主要是大環內酯類藥物，尤其是新型的大環內酯類藥物，被認為作用效果更好，目前在臨床上應用得也比較多。