清晨腹部疼痛需明確腹痛部位，較常見的是晨起空腹中上腹部疼痛，如果進餐后腹痛得到緩解，需考慮存在十二指腸疾病，即十二指腸炎癥和十二指腸潰瘍。這類疾病最顯著特點是空腹痛，進餐后緩解，建議完善胃鏡檢查。如果不愿意完善胃鏡檢查，建議完善幽門螺桿菌檢測，如碳13或碳14呼氣試驗等。 如果不是位于中上腹部，位于其它部位，需具體情況具體分析。部分人因存在晨起排便情況，腸道會進行工作，將大便傳送到直腸，此時可能會出現腸道痙攣性疼痛，部位一般位于臍周或左下腹。隨排便完成，腹痛得到緩解，代表腸道痙攣性疼痛，不一定存在器質性疾病。建議化驗大便，如果大便正常，提示器質性疾病可能性較小。