早上起來肚子疼想上廁所，分為以下兩種情況：1、生理性：中醫認為早上五到七點大腸經所主，這時腸道蠕動會增快，五六點鐘起床洗漱一下，或者直接起床以后有便意，腸道蠕動加快，放屁，跑到廁所痛快排便，是非常好的習慣，不影響一天的工作生活。排完便以后肚子疼就緩解，沒問題；2、病理性：早上起來肚子疼的嚴重，上廁所排出不暢，大便黏膩，可以去找醫生看看，是否要進行調理。胃腸功能出現紊亂，早上四五點鐘肚子疼上廁所，叫五更線，一般見于腎虛，用四神丸調理。肚子疼就要上廁所，可以選擇痛瀉要方，是專門中藥方劑的名稱。如果長期、反復的大便次數多，舌體胖大，有齒痕，選擇六君子丸、參苓白術散等方子健脾，提升脾胃的消化吸收功能。