普通腦炎在治療過程中使用激素一般為短期、小劑量，在醫師正確指導下通常無明顯副作用。特殊腦炎可能需要大劑量或長期使用激素，可能出現副作用，主要包括以下幾點： 1、急性期大量使用可以降低抵抗力容易引起感冒或原有感染擴散； 2、可以影響鈣質吸收導致骨質疏松，嚴重會有股骨頭壞死； 3、可以出現高血壓、高血糖、水腫、電解質紊亂等； 4、可以出現胃潰瘍引起胃痛； 5、長期使用激素還可以出現庫欣綜合征，表現出滿月臉、毛發增多、脂肪向心性分布，同時影響身高。 所有副作用在醫師嚴密監測下很大程度可以避免或減輕，停藥以后大部分可以恢復正常。