患者衣原體感染或者支原體感染有藥可以治療。大環內酯類紅霉素或者阿奇霉素和喹諾酮類氧氟沙星，都是有效，但是療程比細菌感染稍長，但并不可怕。衣原體感染，除引起呼吸道感染；可引起眼部疾病如沙眼、結膜炎；生殖泌尿系感染，如尿道炎、睪丸炎、附睪炎、卵巢炎、輸卵管炎引起嚴重不孕不育、胎兒畸形。 所以如果出現衣原體感染，應及時治療，如果出現衣原體感染，一定要治療徹底后才能懷孕，否則會對胎兒造成嚴重影響。如果明確支原體感染，治療方法和細菌不太一樣，對傳統抗生素，比如青霉素類、頭孢類無效，可用特殊抗生素，如大環內酯類阿奇霉素、左氧氟沙星、四環素類。關鍵是診斷，診斷清楚后只要對癥用藥，疾病可以治愈。