衣原體、支原體是介于細菌及病毒間的一類病原體。這類病原體常感染部位為肺部及泌尿道。 一旦感染支原體、衣原體的患者，可使用的藥物包括大環內酯類、呼吸喹諾酮類、四環素類。大環內酯類常用的藥物包括阿奇霉素、紅霉素，而喹諾酮類包括左氧氟沙星、莫西沙星及環丙沙星，而四環素類常見的藥物包括多西環素、米諾環素、替加環素等。 不同部位的衣原體、支原體感染，用藥的療程不同。由于泌尿系的衣原體、支原體感染易復發，則治療后需進行復查。