口腔細菌的去除方法如下：1、漱口液含漱：在臨床上有多種漱口液，可以根據患者不同的口腔環境，以及不同的口腔情況，而選擇不同漱口液，總之最適合患者來控制口腔感染，去除口腔細菌的漱口液最佳；2、綜合治療：有些患者是牙齦發炎，例如智齒、冠周炎，如果要去除口腔細菌，可通過雙氧水和生理鹽水交替沖洗，并且再給予碘甘油涂抹，就可將口腔細菌進行及時去除，將炎癥進行及時控制，從而將口腔的牙齦炎、智齒、冠周炎等疾病治愈；3、超聲波潔牙：對患者的患牙進行全口潔治，例如齦上潔治和齦下刮治，通過超聲波震蕩的機械作用，從而將口內的牙結石、牙菌斑、食物嵌塞等富含口腔細菌的物質，進行徹底清理清洗，然后再進行拋光，以及后續治療等。