單純菌血癥使用抗生素治療至少14天，但如果合并局部組織或臟器膿腫形成，療程需要明顯延長，至少需要6-8周。通常感染部位不同，療程不盡相同，如骨組織感染，甚至可能需要半年或更長時間治療，治療同時還需要積極查找導致菌血癥的原因與細菌來源。菌血癥指外界細菌通過體表入口或其他感染部位，進入血液中，可在血液中繁殖并隨血流在全身播散，在播散過程中可能出現遷徙性感染，如肝膿腫、腦膿腫、肺膿腫、腹腔膿腫或骨組織的感染等。如果出現上述情況，單純使用抗生素通常不能完全解決問題，甚至體溫控制也比較困難。此時需進行對膿腫部位穿刺引流，在充分引流的前提下，再應用適當抗生素，才能有效控制感染發生。如果形成局部臟器膿腫，療程會相對比較長，特別是合并骨組織感染或抗生素藥物較難達到部位，治療療程可能比6-8周更長，甚至需要0.5-1年。