脊髓損傷針灸治療部位主要有局部、遠端及支配的肌肉，確定脊髓損傷層面節段或者出現脊髓損傷的節段，選擇相應夾脊穴進行針刺，而且為電針治療。在該節段進行穴位注射，局部注射甲鈷胺、神經生長因子等神經營養藥物，可能會對中樞神經或周圍神經有營養作用。選擇脊髓損傷層面以下的癱瘓肌肉，進行針刺。如果出現下肢癱瘓，可以選用每塊肌肉的兩個點，對下肢癱瘓肌肉進行針刺，接電針進行治療。如果脊髓損傷出現大小便障礙，也可以通過針刺改善大便和小便障礙功能狀態。通常小便障礙會選擇中極、關元、水道穴。大便障礙會選擇天樞穴，后背通常會選擇脾俞穴、胃俞穴、三焦俞、大腸俞、關元俞以及八髎穴進行針刺。脊髓損傷要在損傷節段進行治療，在損傷相應的肌肉節段進行治療，選擇相應器官進行治療。