免疫系統的檢查，主要包括采血的化驗檢查，以及超聲檢查、CT檢查或者核磁等影像學檢查。通常主要懷疑到免疫系統疾病時，醫生會給患者進行相應的免疫細胞學檢查，如患者可能會查自身抗體譜，會查免疫球蛋白、補體。自身抗體譜主要包括抗核抗體、抗ENA抗體，也就是核可提取抗原的抗體。此外，患者可能還會做相應的根據具體臨床癥狀而判斷相應疾病的檢查，如果患者明確出現關節腫和疼，又出現在雙手小關節，醫生通常懷疑患者出現類風濕關節炎，會開具類風濕因子、CCP抗體等采血項目的檢查。如果患者明顯出現光過敏，如雙手遇冷變白、變紫等情況，醫生可能會懷疑到系統性紅斑狼瘡、混合性結締組織病等，會開具抗核抗體、ENA抗體等檢查。如果醫生懷疑到IgG4相關疾病，或者肌炎、皮肌炎等疾病，醫生除了會開具上述抗體檢查，還應了解患者免疫系統其他器官的狀態，如淋巴結檢查，以及脾臟、肝臟的超聲檢查。所以免疫系統的檢查通常因人而異，根據相應懷疑到的疾病，患者會進行相應檢查與排除。