下丘腦閉經的主要原因跟下丘腦和垂體的激素變化有關，最常見的有泌乳素、催產素以及性腺激素，包括促卵泡激素以及促黃體生成素。這些激素對于調節女性月經周期，以及女性雌激素、孕激素水平變化很有作用。比如泌乳素增高了就會促進乳腺分泌乳液，同時可以抑制雌激素水平，從而出現閉經現象。促卵泡激素和促黃體生成素如果出現了異常增高，也會導致雌激素和孕激素的分泌的異常，從而導致月經失調，或者閉經的發生。所以下丘腦性的閉經，主要是因為垂體的促性腺激素和泌乳素、催產素的作用，導致卵巢的雌激素跟孕激素分泌異常，而出現閉經現象，叫做下丘腦性閉經。