下丘腦和垂體的關系，可以比作上級和下級。下丘腦能分泌一些激素，通過垂體柄運到垂體，垂體接收到這些信號以后，又會做出相應的反應，再分泌出一些激素，通過全身的血液循環，輸送到身體其它的腺體，比如甲狀腺、性腺、腎上腺。有了如此完整的運作系統，人體的內分泌才能維持穩定的環境。但是對于垂體，如果本身出了問題，也會向下丘腦匯報，而下丘腦也會作出相應的反應。垂體如果出現一些異常，下面的靶腺也會出現相應的異常，所以這三者的關系密不可分。