卵巢囊腫可能終身不會轉為癌癥，而對于有遺傳因素的患者可能一開始的卵巢囊腫就是惡性。卵巢囊腫幾年轉癌癥沒有一定規律，部分囊腫多數是良性，終身也不會轉癌癥，也部分囊腫是生理性，經過短期觀察以后就會消失。而有些腫瘤卵巢囊腫一開始出現就是惡性，所以究竟是否是癌癥取決于最開始卵巢囊腫內的細胞，是良性還是惡性。卵巢囊腫發生惡變幾率很低，卵巢癌變主要和遺傳、環境因素有關，可以檢測BRCA基因、HDR等來明確，是否有疑基因突變。而對于良性的卵巢囊腫，如果持續存在，應該及時手術，因為難以在 早期發現卵巢癌。對于巧克力囊腫，絕經后女性有一部分會發生癌變，這個經歷可能是十幾年，甚至幾十年，所以絕經后如果持續存在卵巢囊腫，而且其內并不是單純的無回聲，也應該積極手術治療。