早上起來眼睛酸流眼淚的原因如下：1、炎癥：早上起來眼睛酸、流眼淚，首先要考慮眼睛是否有結膜炎，如果是結膜炎，甚至是角膜炎，早上起來睜眼的時候，由于冷空氣的刺激，眼睛就會感覺較酸，同時伴有眼睛充血、酸澀，有一定的分泌物，還有流眼淚的現象。此時需要針對炎癥進行處理，如使用抗生素滴眼液、角膜保護劑；2、干眼癥：還有一種情況為干眼癥。晚上眼睛淚膜比較少，在干眼癥的狀態下，淚膜少，角膜沒有得到充分的滋潤，第二天早上起來受到冷空氣的刺激，角膜神經會反射性傳導到眼睛分泌眼淚滋潤眼睛，從而出現流眼淚的現象。如果是干眼癥，需要醫院去測試干眼癥的級別，然后相應使用滋潤眼睛、補充淚液的藥物，如人工淚液，和保護角膜組織的藥物。