陰莖有刺痛感的常見原因包括以下幾種：1、尿道炎：最為常見，病人發生淋菌性尿道炎時，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜導致黏膜水腫、糜爛，在排尿時尿液刺激糜爛的黏膜會引起尿道刺痛癥狀。由于感染性致病菌刺激尿路黏膜引起水皰、膿皰，水皰、膿皰破裂后會形成膿性分泌物，病人會出現尿道刺癢、尿道口膿性分泌物；2、尿道結石：病人在發生尿道結石時，排出結石過程中會導致尿路黏膜破損和肉眼血尿癥狀，部分病人會出現陰莖刺痛；3、非淋菌性尿道炎：病人發生衣原體性尿道炎時也會出現尿道黏膜破損、糜爛以及尿道刺痛、刺癢癥狀。尿道刺痛比淋菌性尿道炎輕微，通常伴有尿道口稀薄、有透明分泌物。病人出現上述癥狀時需及時到泌尿外科或男科就醫，通過規范的藥物治療后多數病人尿道刺痛癥狀會明顯好轉。