陰莖中間疼痛的常見原因包括以下幾種：1、慢性前列腺炎：最為常見，病人發生慢性前列腺炎時，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜導致黏膜紅腫、糜爛，前列腺腺體炎性腫大。致病微生物還會引起后尿道發炎，導致膀胱頸部發炎，出現膀胱頸部糜爛癥狀，在尿液刺激時會出現膀胱頻繁收縮現象，病人會出現尿頻、尿急、尿痛癥狀，感染性致病菌還會引起尿道發炎，出現陰莖中間疼痛、下腹部墜脹不適癥狀；2、尿道結石：病人發生尿道結石時，結石嵌頓在陰莖中間會引起陰莖中間疼痛癥狀；3、尿道炎：病人發生尿道炎時也會出現陰莖中間疼痛癥狀，通常由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，引起黏膜紅腫、糜爛，導致黏膜出現破損、出血癥狀，部分病人還會出現尿道口分泌物。病人出現上述癥狀時，應及時到泌尿外科或男科就醫。