小腸間質瘤一般表現為腸梗阻以及間質瘤破裂出血，即消化道出血，但有時沒有任何表現，只做CT體檢時發現腹腔里有腫塊，可能長在小腸部位。?胃腸間質瘤可以長在身體的任何部位，常見的來源有胃、結腸、小腸。來源于小腸的小腸間質瘤，具體的表現往往取決于腫塊大小、進展狀態，比如很小的小腸間質瘤可能沒有表現，因為沒有引起腸道梗阻或特殊狀態，與正常人一樣，飲食、消化基本正常。如果小腸間質瘤進一步長大，堵塞腸腔，可能引起腸道梗阻的表現，比如腹脹、嘔吐，肛門停止排便、排氣。長大的小腸間質瘤如果破裂出血，大便可能成為黑便或褐色便，這些都需要引起注意。