小腸間質瘤是起源于小腸部位的間質瘤。間質瘤的診斷首先是它的部位，好發部位主要是胃和小腸。小腸間質瘤是間質瘤部位的表現，發生于小腸叫小腸間質瘤，發生于結腸叫結腸間質瘤，發生于胃叫胃腸間質瘤。 另外，除了好發于胃、小腸以外，還有極少數發生在胃腸以外的間質瘤，叫胃腸外間質瘤。小腸間質瘤在整個診斷中相對來說比較難以發現，往往患者出現消化道出血，或者包塊長的很大以后才來就診，這個時候才能發現小腸間質瘤。一般小腸間質瘤往往表現為腹痛、包塊或者消化道出血，這個時候就診，很容易診斷，并且有比較好的治療。