注射青霉素的副作用，常見于過敏反應。青霉素的皮試過敏在藥物過敏中較為常見，發生率能夠達到5%-10%，表現為皮膚的紅腫、瘙癢以及血管神經水腫等。少數患者可以出現嚴重休克，表現為呼吸困難、血壓下降以及昏迷等嚴重反應，此時需及時搶救，否則會導致患者死亡。注射青霉素還可能導致神經系統癥狀的發生，即青霉素腦病，多見于大劑量使用青霉素的患者，尤其老年人與孩子，可以表現為知覺障礙、昏迷，神志異常等嚴重的腦病表現。此外，注射青霉素還可以引起心腦血管系統的病變，但發生率較小。而在注射青霉素后也可能會出現胃腸道癥狀，表現為惡心、腹脹，腹瀉等。