先天性腦動靜脈畸形的手術后遺癥取決于動靜脈畸形的部位、大小以及手術的結果。有些動靜脈畸形位于功能區，對于功能區的動靜脈畸形，無論采取任何治療手段，都有可能面臨一定程度的功能影響，包括肢體功能影響。部分患者手術完成之后導致癱瘓，或者畸形位于語言功能區，可能會造成患者失語，包括運動性失語，不會講話或者聽不懂話等相關的語言功能影響，也可能造成聽力各方面的影響，甚至有些部位的動靜脈畸形做完手術之后患者會發生昏迷，類似植物人。 所以，先天性腦動靜脈畸形的手術后遺癥是一個很籠統的概念，取決于畸形的部位，大小以及相應的手術所帶來的合并癥。